生物信息
系统设计实现与Bio
Java开发BioJava开发
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内容提要
生物信息系统设计实现BioJava开发BioJava开发
建立生物信息系统的基本流程
需求分析
框架和平台选择
测试发布
业务设计
编程实现
生物信息系统样例
需求分析
了解项目的真正需求根据需求确定要使用的技术以PBmice为例:PBmice为例:
关键需求包括:Insert,关键需求包括:Insert,Line,Phenotype,gene等,分别仔细了解每个部分的详细情况,掌握它们之间的关系。提供的功能包括:简单
查询、高级查询、统计信息、GBrowse显示、BLAST、帮助。信息、GBrowse显示、BLAST、帮助。
需求分析
Insert包括的信息:插入名称、插入位置、Insert包括的信息:插入名称、插入位置、插入方向、插入染色体号、DNA样品信息、插入方向、插入染色体号、DNA样品信息、Construct信息、品系、插入序列等Construct信息、品系、插入序列等Line包括的信息:line名称、毛色、line的Line包括的信息:line名称、毛色、line的状态Phenotype包括的信息:Hetero/Homo、Phenotype包括的信息:Hetero/Homo、stage、organ/tissue、图像、录像、资料等。stage、organ/tissue、图像、录像、资料等。
需求分析
简单查询:用户提供一个关键词对Insert、Line、简单查询:用户提供一个关键词对Insert、Line、Phenotype、Construct等的表进行查询Phenotype、Construct等的表进行查询高级查询:用户可以根据染色体和基因组起始位置、line的stage、phenotype等组合查询数据库置、line的stage、phenotype等组合查询数据库统计信息:根据染色体位置和Insert在基因组上的统计信息:根据染色体位置和Insert在基因组上的位置信息产生饼状图和柱状图GBrowse:显示小鼠基因组所有gene和所有GBrowse:显示小鼠基因组所有gene和所有Insert的位置和相关性Insert的位置和相关性BLAST:根据用户输入的序列查询所有Insert的BLAST:根据用户输入的序列查询所有Insert的序列
业务设计
业务设计是对需求的提炼,把需求转变为开发人员可以进行开发的业务流程图,以PBmice为例,把Insert,Line,PBmice为例,把Insert,Line,Phenotype等需求提取出的信息设计成数据Phenotype等需求提取出的信息设计成数据库中的表,设计它们之间的关系。
业务设计
简单查询设计
InsertLine用户PhenotypeStrainInAll简单查询方法数据库
业务设计
业务设计
高级查询
关键字chromosome用户Organstagephenotype高级查询方法数据库
业务设计
MP-PBmice:Taskformappingthe:insertionalmutationsontothemousegenome
ExperimentalProcedureFlowproduction
FromPBmicetoMP-PBmiceMPIntegratedinformationofPBinsertionalmutationsandtheircharacterizationsinmice:PBmice(NAR,2008vol.36,Http://www.idmshanghai.cn/PBmice)Http://www.idmshanghai.cn/PBmice)Dailybook-keepingandinformationbookexchangebetweenexperimentalgroupsforthemappin
gprocedure:MP-PBmiceMP-
StrictAccessControl