边界环境非平行太分子动力学 NEMD各种附加边界条件和约束积分器:Velocity-verlet 积分器Brown 积分器rRESPA 继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出:(命令:dump restart)热力学信息日志原子坐标,速度和其它原子量信息的文本 dump 文件二进制重启文件各原子量包括:能量,压力,中心对称参数,CAN 等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像,XYZ,XTC,DCD,CFG 格式数据的前处理与后处理:包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外,可以使用独立发行的工具组 pizza.py 它可以进行 LAMMPS 模拟的设置,分析,作图和可视化工作。
特别功能: 实时的可视化与交互式 MD 模拟 与有限元方法结合进行原子-连续体模拟 在 POEMS 库中提供了刚体积分工具 并行裉火 并行复制动力学 对低密度液体直接使用 MC 模拟 Peridynamic 介观建模 目标型与无目标型分子动力学 双温度电子模型 LAMMPS 不具备的功能: 由于 LAMMPS 是对牛顿运动方程积分的工具,所以很多必要的数据前处理与后处理功能是 LAMMPS 核心不具备的。
其原因为: 保证 LAMMPS 的小巧性 前处理与后处理不能进行并行运算 这些功能可以有其它工具来完成 原代码开发的局限性 特别地,LAMMPS 不能: 通过图形用户界面来工作 创建分子体系 自动的加上力场系数 为 MD 模拟提供智能化的数据分析 MD 的可视化 为输出数据作图 我们需要为 LAMMPS 输入一系列的原子类型,原子坐标,分子拓朴信息和所有原子与键的力场参数。
LAMMPS 不会自动的为我们创建分子体系与力场参数。
对与原子体系,LAMMPS 提供了 creat-atoms 命令来为固态晶格加上原子。
可以能过 pair coeffbond coeff angle coeff 等命来加上小数目的力场参数。
对于分子体系或更复杂的模拟体系,我们通常会用其它工具来创建或者是转换 LAMMPS 输出文件来做到这些事情。
有的还会写一些自已的代码来完成这项任务。
,我们需要为之提供上面个拓朴信息与力场 对于一个复杂的分子体系(如,蛋白质)参数。
所以我们建议用 CHARMM 或 AMBER 或其它的分子建模器来完成这些任务,并把之输到一个文件中去。
然后,改变其格式以达到 LAMMPS 所允许的输入格式。
同样,LAMMPS 的输出文件是一种简单的文本格式,我们也可以通过其它的工具来换专这些格式。
我们可以用以下几个软件来完成高质量的可视工作: VMD AtomEye Pymol Raster3d RasMol 最后要说一下的是,以下这些也是自由分子动力学包,它们大多数是并行的,可能也适合来完成你的研究工作,当然也可以与 LAMMPS 联合起来使用以完成模拟工作。
CHARMM AMBER NAMD NWCHEM DL_POLY Tinker CHARMM,AMBER,NAMD,NWCHEM,Tinker 是专们用于模拟生物分子的。
二、开始本部分主要描述如何创建和运行 LAMMPS。
1. 在 LAMMPS 发行包理含有:READMELICENSEBench:测式任务Doc:文本Examples:简单的测试任务Potentials:嵌入原子方法与力场文件Src:源代码Tools: 前处理与后处理工具假如你下载的是 windows 可执行文件的话,你里面只有一个文件(并行与非并行两种)Lmp-windows.exe2. 编译 LAMMPS之前的工作:编译 LAMMPS 不是一个繁琐的工作。
首先你可能要写一个 makefile 文件,里面要选择编译器,附加的一些将要用到的库等。
事先装上 MPI 或 FFT 等库。
编译出一个可执行 LAMMPS:在 SRC 目录里头含有 C源文件和头文件。
当然也包括一个高水平的 Makefile,在 MAKE 目录里头有几个低水平的 Makefile.files 分别适有不同的平台。
进入 SRC 目录,输入 make 或 gmake,你将会看到一列的可选项。
假如其中有一种符合你的机器,你可以输入像下面一样的命令:Make linuxGmake mac注意,在一个多处理器或多核处理器的平台上你可以进行平行编译,在 make 命令中使用“-j”选项就可以,这样编译起来会更快一些。
在此过程中不发生错误的话,你可以得到一个类似于 lmp-linux 的可执行文件。
在编译过程当中将会发生的常见错误: (1) 如果编译过程当中发生错误, 并提示不能找到一个含有通配符为名的文件的话, 说明你 机器上的