面:
PWGui: www-k3.ijs.si/kokalj/pwgui/
安裝 pwscf
1. 預先安裝套件,請安裝下列套件,或 sudo apt-get install 套件名稱 即可
編譯環境:build-essential
FFT: fftw-double-dev fftw-single-dev
MPI: libmpich1.0-dev
SSH: ssh
Fortran: gfortran
2. 設定MPICH,我們需要的是 ssh 自動登入,把其中設定 ssh 自動登入的步驟列舉如下
基本步驟摘要 (只用於一台):
打 cd ~/.ssh(注意 ssh 前面有一個點)進入使用者個人隱藏的 ssh 設定目錄(在 UNIX 下凡是名稱以一點作為開始的檔案及目錄,都會隱藏,只用 ls 看不見,要用 ls -a 才看得見)。
打 ssh-keygen 產生 ssh 的鑰匙,它會問要輸入 passphrase,給不給都可以,之後你在目錄下看會到 id_rsa 及 id_rsa.pub 兩個檔案。
把 id_rsa.pub 拷貝為檔名叫作 authorized_keys 的檔案。
~/.ssh 底下的 id_rsa、id_rsa.pub、authorized_keys 等檔案,都要 chmod 成為群組 (g) 與其他 (o) 皆不可讀與寫。chmod g-w [filename] 、 chmod g-r [filename] ,比較快的方法是 chmod 500 [filename]。
現在可以試著以 ssh username@hostname (遠端)或 ssh localhost (本機)試著用 ssh 以不需要密碼的方式登入遠端或本機系統,如果不需要密碼可以登入,則表示設定成功。
設置多台 ssh 可進入之免密碼機器組
觀念是,遠端的那台機器上之使用者的 .ssh 子目錄下之 authorized_keys 檔案之中要有記載想免密碼近端機器之公鑰匙。
按上面的方法,先在近端機器的使用者目錄下產生 .ssh 子目錄以及其下相關檔案。
把其中 id_rsa.pub 傳
送到遠端,並利用 cat id_rsa.pub >> authorized_keys(注意是兩個大於號,代表追加)來把其內容加入到遠端機器的 authorized_keys 檔案中。
測試從近端到遠端以 ssh 登入,看是否需要密碼。
3. 打開終端機,cd espresso-4.0.4
4. ./configure
5. make all
安裝 pwgui
6. tar zxvf PWgui-4.1CVS.tgz
7. cd PWgui-4.1CVS
8. 執行PWGui: ./pwgui
註:後來發現 pwscf 的目錄裡本來就帶有 pwgui 了,或許可以直接執行 ./pwgui 測試看看可不可以使用。
設定 pwgui
設定 pwgui 可執行檔的路徑如下圖,此例中 pwscf 被解壓縮在這個目錄下:
/home/labpc/PWgui/espreso-4.0.4/
測試 pwscf
pwscf 已經提供非常多 example 在原始碼裡面,在我們的路徑下為:
/home/labpc/PWgui/espreso-4.0.4/examples/
以 example01 為例:
cd /home/labpc/PWgui/espreso-4.0.4/ (此為解開之後的路徑)
cd example01
./run_example
計算的結果會存在 results/ 目錄下面
如何从MS中导出原子坐标?
by Sunforever
首先,在MS中完成建模
然后用castep进行运算,参数随便,只要run一下就可以了,开始计算后马上把任务停掉
去硬盘上你的计算任务路径下的/Documents目录,在文件夹选项里设置“显示隐藏文件”,找到.cell文件,用记事本打开
打开后就可以看到原子坐标了。这里的坐标单位是晶胞长,坐标值是晶胞尺寸的分数。在PWscf中使用时要把单位改成{crystal}
C 0.5083724603389025 0.4948536598570661 0.3224282293666403
C 0.5083724603389025 0.4948536598570661 0.8224282293666402
O 0. 0.3333333333333333 0.99997
O 0.3333333333333333 0. 0.4412999999999997
O 0.6666666666666666 0.3333333333333333 0.99997
O 0.8333333333333334 0. 0.4412999999999997
O 0. 0.8333333333333333 0.99997
O 0.3333333333333333 0.6666666666666667 0.4412999999999997
O 0.6666666666666666 0.8333333333333334 0.99997
O 0.8333333333333334 0.6666666666666667 0.4412999999999997
O 0. 0.3333333333333333 0.6912999999999997
O 0.3333333333333333 0. 0.9